Если нужно запретить выполнение скриптов PHP в директории, например в /uploads/, нужно поместить туда файл .htaccess со следующим содержанием
php_flag engine 0
RemoveHandler .phtml .php .php2 .php3 .php4 .php5 .php7 .phps .cgi .pl .asp .aspx .shtml .shtm .fcgi .fpl .htm .html
AddType text/plain .phtml .php .php2 .php3 .php4 .php5 .php6 .php7 .phps .cgi .pl .asp .aspx .shtml .shtm .fcgi .fpl .htm .html
<FilesMatch "\.*">
SetHandler none
</FilesMatch>
<?php echo 1; ?>